DNAメチル化酵素DNMT3AおよびDNMT3Bの特異的機能の発見　―哺乳類の発生過程やがん発症のメカニズム解明に貢献―

DNAのメチル化は哺乳類の個体発生に必須であり、その異常は白血病などのがん発生の原因となることが知られている。八木正樹研究員（ハーバード大学、元東京大学医科学研究所）、蒲田未央特定職員（京都大学iPS細胞研究所[CiRA]）、山本拓也准教授（京都大学iPS細胞研究所[CiRA]）、同高等研究院ヒト生物学高等研究拠点（ASHBi）、山田泰広教授（東京大学医科学研究所）らの研究グループは、多能性幹細胞における遺伝子破壊技術と網羅的なDNAメチル化解析技術を組み合わせることにより、DNAメチル化酵素であるDNMT3Aと DNMT3Bの特異的な標的部位の同定に世界で初めて成功した。また個体発生過程において、DNMT3Aは分化関連遺伝子を、DNMT3BはX染色体遺伝子を特異的に制御していることが分かった。

遺伝子発現調節を司るDNAメチル化によるエピゲノム制御は、細胞分化や個体発生など様々な生命現象に重要であり、エピゲノム制御の破綻はがん・疾患の発症に関与することが報告されている。また以前、山田泰広教授らの研究グループは、DNAメチル化が多能性幹細胞の品質維持に重要であることを示している。

哺乳類発生においてDNAメチル化は、着床前に大部分が消去され、着床後の分化過程でDNAメチル化酵素DNMT3AとDNMT3Bによって獲得される。DNMT3A、DNMT3Bのノックアウトマウスはそれぞれ早期致死であることから、DNAメチル化酵素は哺乳類個体の発生に必須であることが示唆されていた。しかし、これまでにDNMT3AとDNMT3Bの機能の違いは分かっていなかった。そこで、本研究では、DNMT3AとDNMT3Bの標的遺伝子の違いを探索することで、DNAメチル化による発生メカニズムの解明、さらにはDNAメチル化異常によるがん・疾患の発症機構を明らかにすることを目指した。

これまでに、山田泰広教授らの研究グループは、ゲノム情報は正常であるものの大部分がDNA メチル化されていないマウスES細胞の樹立方法を見出していたが、今回、このDNA低メチル化ES細胞を用いて、生体内（In vivo）の発生で起こるDNAメチル化獲得プロセスを試験管内（In vitro）の分化過程で再現した。遺伝子破壊技術とDNAメチル化解析を組み合わせることで、発生過程におけるDNMT3AとDNMT3Bの特異的標的部位の同定が可能になると仮定し、研究を行った。独自に樹立したこのES細胞から、DNMT3AとDNMT3Bの欠損株を作製し、分化誘導後の体細胞のDNAメチル化状態を網羅的に調べた。

その結果、DNMT3AとDNMT3Bの特異的標的部位を同定することに成功した。 DNMT3Aは分化関連遺伝子を、DNMT3BはX染色体遺伝子を特異的にメチル化するという、より詳細な仕組みを突き止めることにも成功した。野生型、DNMT3A欠損、DNMT3B欠損の状態の遺伝子において、それぞれの体細胞におけるDNAメチル化の状態を比較解析したところ、これまでの報告と同様、多くの遺伝子はDNMT3A、DNMT3B両方によって制御された。一方で、発生に重要な分化関連遺伝子（例: Hox, Tbx, Cbx, Fox遺伝子群など）はDNMT3Aによって、X染色体遺伝子はDNMT3Bによって特異的にメチル化の制御を受けることが分かった。また、DNMT3A、DNMT3BのDNA上への結合能力の違いがそれら遺伝子の機能の違いを生み出すことを発見した。

加えて本研究では、 DNMT3変異を有するがん・疾患に特徴的な新規DNAメチル化異常の詳細な仕組みも明らかにすることができた。がんや疾患において、しばしばDNAメチル化異常が報告されている。本研究で同定したDNMT3により特異的にDNAメチル化を受ける遺伝子に着目し、DNMT3変異を有するがんや疾患のDNAメチル化状態を詳細に解析した。その結果、DNMT3Aの機能欠損変異を有するAML（急性骨髄性白血病）患者、DNMT3Bの機能欠損変異を有するICF症候群（ immunodeficiency – centromeric instability – facial anomalies syndrome）患者において、DNMT3によって特異的にDNAメチル化を受ける遺伝子のメチル化レベルは、変異のない同患者と比して有意に低いことが分かった。これによって、DNMT3変異を有するがん・疾患における新規のDNAメチル化異常の部位を同定することができた。

DNMT3変異を有するがん・疾患に特徴的なDNAメチル化異常を発見した本研究成果は、DNAメチル化による哺乳類発生メカニズムの一端の解明に繋がり、DNAメチル化異常によるがん・疾患の発症メカニズムの解明や新たな治療法開発にも貢献できることが期待される。
（Medister 2020年7月20日　中立元樹）

＜参考資料＞
国立研究開発法人日本医療研究開発機構プレスリリース　DNAメチル化酵素DNMT3AおよびDNMT3Bの特異的機能の発見　―哺乳類の発生過程やがん発症のメカニズム解明に貢献―